1940-1944
В 1940 году Эстонская Республика была оккупирована СССР. В 1940-1941 годах органами НКВД были арестованы лучшие представители русской интеллигенции, проживавшие в Эстонии. В ночь
с 28 на 29 апреля 1941 года был арестован и директор гимназии А.С. Пешков. Без суда его приговорили к расстрелу по пресловутой статье 58. Приговор был приведен в исполнение 14.06.1942 года. А.С. Пешков был реабилитирован только в 1989 году.
В 1940 году Частную Русскую гимназию (Vene, 15) и ТГРГ ( Pikk ,69) соединили в одну и преобразовали в 6-ую Полную среднюю школу.
С 1 апреля 1941 года директор школы Александр Михайлович Петров (учитель математики). Завучем была Маргарита Эрнстовна Лензин. С 1941 года в школе продолжал обучение Григорий Кроманов, будущий режиссер эстонского бестселлера "Последняя реликвия". Вводились отдельные аттестаты для отличников и похвальные грамоты для остальных выпускников. В 1941 году аттестаты с отличием и правом поступления без вступительных экзаменов в высшие учебные заведения СССР получили Маргарита Банг, Анатолий Шевалье, Борис Писарев.
Период немецкой оккупации 1941-1944 года. Из воспоминаний Вячеслава Васильевича Якобса
(выпуск 1943 года):
"... Наша гимназия во время войны оставалась единственной русской школой в Эстонии, и всю ответственность за ее сохранение взяла на себя директор Маргарита Эрнстовна Лензин
(1941-1944 года). Ребятам нравилось ее прямое общение с учениками, могла даже танцевать с ними на выпускных вечерах. Была хорошим директором... В моей памяти наши педагоги навсегда остались людьми высокой культуры и истинной интеллигентности. О школьных годах я сохранил самые светлые воспоминания..."
"...Мы создали КРИМ - Кружок русской интеллигентной молодежи. Из монеток царского времени выпилили лобзиком двуглавых орлов и носили их на лацканах пиджака. Издавали рукописный журнал "Двуглавый Орел", в котором помещали статьи о русской культуре, истории, какие-то воспоминания, интересные мысли. Мы увлекались литературой, музыкой, живописью, пели русские песни, разговаривали, веселились. Отношения сложились очень теплые и чистые...".
"...На уроках Закона Божия в школе мы изучали Ветхий и Новый Завет, историю Церкви, начатки литургики - объяснение богослужения. Учили наизусть молитвы, писали сочинения. Должен сказать, что атмосфера в гимназии царила интеллигентная.
Учителя не просто проводили занятия, чтобы дать сведения, а старались разносторонне расширить кругозор учащихся, воспитать людей, хорошо знающих свою культуру, искусство, историю, литературу..."
Военное время трудное... Жизнь по хлебным карточкам, занятия в 3 смены, проблемы с учебниками. В этот период формы не было.
В актовом зале - портрет А. Гитлера. Плата за обучение 10 RMK в полугодие (1941) и 108 RMK в год
(1943-1944).
Жалование учителя в месяц 65 RMK (плюс квартира, отопление и освещение).
В это время в гимназии образование получали Алексей Ридигер, более нам известный как патриарх Всея Руси Алексий II.
Тогда же в ней учился и Вячеслав Якобс - нынешний Митрополит Таллиннский Корнилий. Учащиеся, у которых средний годовой балл был 4,5, освобождались от экзаменов в 5 классе (11 класс), аттестаты выдавались на двух языках - немецком и русском.
Лучшими учениками выпуска 1943 года были Борис Холостов, Лидия Меекс.
9 марта 1944 года в 6 гимназии должен был состояться акт вручения аттестатов выпускникам. Выдачу аттестатов перенесли на 12 марта 1944 года (решением педсовета от 10 марта 1944 года) из-за бомбардировки центральной части города Таллинна Красной армией.